I fokus för temautvärderingarna ligger en viss innehållslig helhet eller ett innehållsligt tema. Det kan också göras utvärderingar av läget inom en viss utbildningsform. Med systemutvärderingar avses att utbildningssystemet som helhet eller ett visst delområde i systemet kan vara föremål för utvärdering. Systemutvärderingarna kan gälla utbildningspolitik och verkställande av den eller de processer som gäller förnyelse och utveckling av utbildningssystemet. Tema- och systemutvärderingar kan gälla antingen enbart högre utbildning eller samtidigt flera nivåer i utbildningssystemet.
För tema- och systemutvärderingarna tillsätts planerings- och utvärderingsgrupper som består av representanter med erfarenhet från olika områden. I utvärderingarna används involverande och mångsidiga metoder. Det är viktigt att beakta olika intressenters infallsvinklar, att kritiskt och djupgående granska den företeelse som utvärderas och att skapa en övergripande bild av det som ska utvärderas.
Tema- och systemutvärderingar under utvärderingsplansperioden 2016-2019:
Invandrare i högre utbildning
Utvärderingsprojektet Studerandes övergångar och smidiga studievägar
Högskolornas profilering och utveckling av utbildningsutbudet
Företagande och innovationskapacitet i yrkesutbildningen och högskolorna (Yrtti-utvärdering)
Utvärdering av Lärarutbildningsforumet
Utvärdering av grundutbildningen i medicin
Ett internationellt jämförelseprojekt med fokus på integration av invandrare i utbildningssystemet
Utvärdering av sjöfartsutbildningen
Utvärdering av lärarutbildningen i svenska språket